Монастырь основан в 1648 году, и относится к группе ставропигиальных мужских монастырей. Расположен у основания парковой зоны Воробьевы горы. Комплекс построек на территории монастыря включает в себя Синодальную библиотеку, Отдел по взаимоотношениям с обществом, Учебный комитет, Институт перевода Библии.
Первые упоминания о мужской обители у Воробьевых круч появились в исторических документах в 17 веке. Училище при монастыре было построено для обучения крестьянских детей. Начиная с 1649 года, для формирования «Учительного братства», в монастырь были приглашены ученые иноки Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский и Дамаскин Птицкий. В 1652 году, на территории монастыря поселились певчие из Киева, во главе с композитором Федором Тернопольским. В этом же году состоялось открытие училища, которое являлось первым научным учреждением в Москве. В братстве состояло около 60 человек, 15 из которых были ученые старцы.
В 1762 году, решением Синода, монастырь становится местом содержания психически больных, а спустя два года здания комплекса переформировываются в приходской храм и богадельню.
В 1771 году в стенах монастыря было организовано кладбище для жителей монастырей Москвы, и горожан дворянского рода, погибших от эпидемии чумы. Полвека спустя, некрополь был уничтожен.
В 1923 году, по решению правительства Москвы, был закрыт храм святого Андрея Стратилата. В храме Иоанна Богослова проходили службы до конца 30-х годов.
В 1991 году, по решению патриарха Алексия II, на территории монастыря организовано Патриаршее подворье, включающее в себя храмы Воскресения Христова, Иоанна Богослова, и мученика Андрея стратилата. Также, происходит перемещение Синодальной библиотеки из Данилова Монастыря на территорию подворья. Настоятелем новой структуры становится руководитель Синодальной библиотеки — протоирей Борис Даниленко.
В 1993 году подворье посещает и сам Патриарх Алексий II.
В 1996 году, правительство Москвы передает Андреевский монастырь в распоряжение Русской православной церкви в бессрочное пользование на безвозмездной основе.
В 2013 году, указом Синода, Патриаршее подворье становится Андреевским ставропигиальным мужским монастырем, главой которого утверждают епископа Феофилакта.